一種復合生物酶及其應用于處理造紙工業(yè)廢水的方法，屬于工業(yè)廢水治理技術領域，可解決現有處理造紙工業(yè)廢水的生物酶投加量大，工藝復雜、成本高以及處理效果不佳的問題，所述復合生物酶包括質量比為1:1:1的工業(yè)蛋白酶、解聚酶和脫氫酶，處理方法包括如下步驟：第一步，按比例將工業(yè)蛋白酶、解聚酶和脫氫酶混合均勻，得到復合生物酶；第二步，采用連續(xù)式生物膜反應器處理污水，生物復合酶采用多點分散投加的方式，每間隔1?1.5m設一個投加點，投加濃度為1.0mg/L，水力停留時間為8小時。本發(fā)明的復合生物酶可使造紙工業(yè)廢水中BOD和CODCr的去除率明顯提高。