本發(fā)明涉及生物制藥領(lǐng)域，特別涉及一種低鹽濃度肝素鈉與活性腸蛋白肽分離聯(lián)產(chǎn)工藝。以新鮮豬小腸粘膜為起始原料，經(jīng)刮腸機(jī)將腸衣剝離得腸粘膜，加入一種抗氧化保護(hù)劑將粘膜蛋白保護(hù)以提高腸粘膜蛋白肽附加值。在低鹽濃度條件下，聯(lián)合中性復(fù)合型蛋白水解酶水解與高溫堿性水解高效地將蛋白與糖胺聚糖解離，然后采用樹(shù)脂吸附、梯度鹽度洗脫、醇沉、干燥、粉碎等物理操作，最終實(shí)現(xiàn)粗品肝素鈉與活性腸蛋白聯(lián)產(chǎn)。該聯(lián)產(chǎn)工藝有利于較少含鹽等廢水排放、提高產(chǎn)品附加值，具有重要的經(jīng)濟(jì)價(jià)值。