一種工業(yè)廢水處理中的功能菌群特異性分子檢測方法。具體步驟:(1)從廢水處理裝置中采集生物膜樣品,并提取基因組DNA;(2)使用THAUERA特異性引物進行PCR擴增,并使用16S RDNA V3區(qū)通用引物進行嵌套PCR擴增;(3)使用DGGE對擴增產(chǎn)物進行分離;(4)構(gòu)建16S RDNA全長克隆文庫,來確證本方法的可靠性;(5)使用本方法結(jié)合主成分分析(PCA)來監(jiān)測工業(yè)廢水處理裝置的運行情況。本發(fā)明可用于追蹤監(jiān)測廢水處理系統(tǒng)中的重要功能菌群THAUERA的組成,并由此迅速判斷裝置的運行情況。本發(fā)明還可以預(yù)測裝置的發(fā)展趨勢。