本發(fā)明公開(kāi)了一種畜禽廢水處理的系統(tǒng)和方法，包括依次連通的厭氧除碳產(chǎn)甲烷單元、缺氧反應(yīng)單元、厭氧氨氧化單元和好氧反應(yīng)單元；所述厭氧除碳產(chǎn)甲烷單元包括厭氧反應(yīng)池A；所述缺氧反應(yīng)單元包括缺氧反應(yīng)池、曝氣裝置A、填料A和沉淀池；所述厭氧氨氧化單元包括厭氧反應(yīng)池B、曝氣裝置B和填料B；所述好氧反應(yīng)單元包括好氧反應(yīng)池、曝氣裝置C和填料C。本發(fā)明的系統(tǒng)通過(guò)填料的設(shè)置以及各反應(yīng)單元在空間上的優(yōu)化配置，本發(fā)明的方法通過(guò)溶解氧濃度和活性污泥濃度的控制，在高氨氮高COD的畜禽廢水處理過(guò)程中穩(wěn)定實(shí)現(xiàn)了主流厭氧氨氧化工藝，有效提升了氨氮和COD的脫除效果，大大降低了剩余污泥產(chǎn)量、曝氣量需求和能耗投入。