本發(fā)明公開了一種黑臭河流梯級(jí)治理凈化系統(tǒng)及方法，包括從污水入河口到下游河流的主河道上依次設(shè)置的潛流濕地凈化河段、表流濕地凈化河段、近自然灘地凈化河段和近自然污染削減河段；所述潛流濕地凈化河段上設(shè)有原位凈化島和潛流濕地，所述原位凈化島內(nèi)設(shè)有內(nèi)電解基質(zhì)；所述表流濕地凈化河段上設(shè)有與主河道連接的側(cè)槽，所述側(cè)槽內(nèi)設(shè)有表流人工濕地；所述近自然灘地凈化河段上設(shè)有首末端與主河道相連的側(cè)滲溝，所述側(cè)滲溝兩側(cè)還分別設(shè)有側(cè)滲墻；所述近自然污染削減河段上設(shè)有河心島，所述河心島和主河道上均種植有土著耐污植物。本發(fā)明適用于缺乏天然徑流、主要來水為經(jīng)過處理的城鎮(zhèn)污水和工業(yè)廢水的重污染黑臭河流的治理與凈化。