本申請涉及革蘭氏陽性細菌全細胞分析的方法。所述方法能確定樣品(例如，臨床樣品)是否包含一種或多種選定的革蘭氏陽性細菌，以及確定例如所述樣品中所述選定的革蘭氏陽性細菌是否都不具有所選的目的性狀、或部分細菌具有所選的目的性狀或所有細菌都具有所選的目的性狀，或者所述樣品中可能存在的其它細菌具有所選的目的性狀。在一些實施方案中，所述方法可用于確定所述樣品中的抗甲氧苯青霉素(選定的性狀)的金黃色葡萄球菌(選定的革蘭氏陽性細菌)、凝固酶陰性葡萄球菌(另一種選定的革蘭氏陽性細菌)和/或甲氧苯青霉素敏感性金黃色葡萄球菌(MSSA)。例如，可以通過原位雜交(ISH)、熒光原位雜交(FISH)、免疫細胞化學(ICC)或以上兩種或更多種的任意組合進行全細胞分析。