本發(fā)明提供了一種化合物分子3D打印系統(tǒng)及方法，包括化合物分子分析裝置、三維光阱生成裝置、粒子生成與激發(fā)裝置、粒子捕獲裝置、粒子傳送裝置，化合物分子分析裝置、三維光阱生成裝置、粒子傳送裝置、粒子捕獲裝置、粒子生成與激發(fā)裝置依次相連。本發(fā)明的有益效果是:本發(fā)明的化合物分子3D打印系統(tǒng)可以應(yīng)用于制作傳統(tǒng)化學(xué)方法難以制作或分離的高純度化合物分子，甚至可以制造出通過計(jì)算機(jī)仿真合成的更高效且無法通過常規(guī)化學(xué)方法生成的靶向藥物分子；其次，本發(fā)明的化合物分子3D打印系統(tǒng)由于無需通過復(fù)雜的合成步驟，也無需考慮選擇合成方式，更加不需要考慮合成后有效成分的分離，可以大大縮短藥物開發(fā)的周期以及節(jié)約開發(fā)成本。