本實施例公開了一種多目標層地質環(huán)境煤層氣水平井及排采直井施工方法,包括步驟:鉆設排采直井,下入套管時,在排采直井中的每個目標層的相應位置下入玻璃鋼套管,其它位置為鋼套管;在排采直井,從底層的目標層開始向上依次對每個目標層擴眼形成洞穴;所有目標層擴眼完成后,排采直井全井替換為清水;投砂至最頂層目標層洞穴底部;從頂層的目標層開始向下,依次鉆設與每層目標層洞穴連通的水平井,除與底層目標層連通的水平井外,在與每層目標層洞穴連通的水平井施工完工后,實施撈砂至下一目標層的洞穴底部;與底層目標層連通的水平井施工完工后,撈砂至排采直井的人工井井底。本施例的技術方案,降低了施工成本、縮短了施工工期。