本發(fā)明涉及建筑工程技術領域，提供一種箱涵沉降縫防水結構及其施工方法，箱涵沉降縫防水結構包括第一防水組件，第一防水組件設在箱涵的外側壁上并與其沉降縫相對應；還包括榫卯結構和第二防水組件；榫卯結構設在沉降縫的相對側，用于防止沉降縫兩側的箱涵在垂直面上發(fā)生相對移動；第二防水組件設在沉降縫中，對沉降縫進行防水密封；本發(fā)明通過設置榫卯結構，有效控制了箱涵結構在沉降縫兩側的局部不均勻沉降，保證了防水結構的整體性和穩(wěn)定性，并通過對施工過程進行優(yōu)化，提高了施工效率，確保了箱涵沉降縫在軟弱地基、軟硬不均地基等不良地質條件下的綜合防水效果。