本發(fā)明涉及一種油藏內(nèi)源微生物原位采集的方法；包括：井礦數(shù)據(jù)分析：收集并整理目標井基礎數(shù)據(jù)；數(shù)值模擬：基于所需的微生物強化采油具體設計方案，確定擬采集微生物的環(huán)境適應性要求；通過井礦分析數(shù)據(jù)，確定取樣的埋深；原位采集：現(xiàn)場采集所需內(nèi)源微生物資源，依據(jù)數(shù)值模擬結(jié)果，通過PVT儀采特定油藏目的埋深處的油樣或油水樣流體；后續(xù)微生物多樣性分析及篩選；本方法適用于各類溫度、壓力、pH、礦化度、埋藏深度油藏地質(zhì)條件下的內(nèi)源微生物采集；特別適用于高溫高壓油藏的深井微生物采集，對油藏有害微生物的跟蹤監(jiān)測，微生物強化采油作用前后內(nèi)/外源微生物多樣性分析等其用途。