本發(fā)明公開了一種間接充水含水層突水危險性綜合評價方法及系統(tǒng)，屬于礦業(yè)開采領(lǐng)域，方法包括：從井田的所有地質(zhì)鉆孔柱狀圖的相關(guān)信息中提取與每個鉆孔相關(guān)的開孔坐標、煤層的煤層厚度和煤層底板標高、以及在煤層上方的間接充水含水層的含水層底板標高等關(guān)鍵信息，利用所提取的關(guān)鍵信息針對每個鉆孔計算突水危險性指數(shù)和含水層的富水性指數(shù)，利用所述每個鉆孔的開孔坐標以及相對應(yīng)的突水危險性指數(shù)和富水性指數(shù)分別繪制突水危險性等值線圖和富水性等值線圖，然后利用井田的采掘工程平面圖以及所繪制的突水危險性等值線圖和富水性等值線圖三者來評價所述井田的待開采工作面的突水危險性。