本發(fā)明公開了一種低成本的褪黑素分離方法，包括如下步驟：步驟一、預(yù)處理；步驟二、粉碎；步驟三、浸出；步驟四、膜處理；步驟五、脫色處理；步驟六、旋蒸；步驟七、干燥。本發(fā)明的低成本的褪黑素分離方法通過膜處理過程是純物理過程，無相變，能耗低，系統(tǒng)在常溫下操作，克服了熱對酶制劑產(chǎn)品中活性物質(zhì)的破壞。減少有效成分損失，降低廢水中BOD和COD含量。與傳統(tǒng)的過濾、濃縮工藝方法相比，新工藝可顯著節(jié)約工藝過程中的無機鹽、有機溶劑，降低了產(chǎn)品的生產(chǎn)成本。