本發(fā)明涉及一種用于化學(xué)交聯(lián)質(zhì)譜解析蛋白?蛋白相互作用，實現(xiàn)蛋白質(zhì)復(fù)合物交聯(lián)信息深度覆蓋的分析方法，該方法通過在樣品預(yù)處理過程中使用與胰蛋白酶不同的一種或多種限制性內(nèi)切酶分別與胰蛋白酶進行聯(lián)合酶切的方式，實現(xiàn)多種酶解產(chǎn)物對蛋白質(zhì)復(fù)合物交聯(lián)信息的深度覆蓋。該方法能有效地用于解析單一蛋白質(zhì)復(fù)合物，將交聯(lián)蛋白酶解成適合質(zhì)譜解析的肽段長度，得到更全面、豐富的蛋白質(zhì)相互作用信息。在蛋白質(zhì)復(fù)合物結(jié)構(gòu)解析領(lǐng)域有著廣闊的應(yīng)用前景。