本發(fā)明公開了基于圖注意力自編碼的多元地球化學(xué)異常識別方法，包括以下步驟：構(gòu)圖閾值K確定；地球化學(xué)元素拓撲網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建；多元地球化學(xué)特征學(xué)習(xí)；多元地球化學(xué)元素背景重構(gòu)；多異常值計算。本發(fā)明將圖學(xué)習(xí)引入化探異常探測中，利用K近鄰構(gòu)建了地球化學(xué)元素拓撲關(guān)系圖，構(gòu)建并訓(xùn)練了能夠同時提取元素組成關(guān)系和空間結(jié)構(gòu)特征的圖注意力自編碼器。基于訓(xùn)練好的圖注意力自編碼器進行多元地球化學(xué)背景的重構(gòu)，并計算得到最終每個采樣點的異常值。本發(fā)明對現(xiàn)有神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型進行了擴展，使得模型能夠直接處理采樣點數(shù)據(jù)并能應(yīng)用于不規(guī)則區(qū)域，大大提高了化探背景的學(xué)習(xí)性能和模型的實用性，為復(fù)雜地質(zhì)條件提供了實用可靠的化探異常識別方法。