本發(fā)明提供一種磁性異孔共價納米材料及其制備方法和應(yīng)用，其為在磁性納米顆粒表面通過硅烷化試劑進(jìn)行水解聚合反應(yīng)合成硅包覆的磁性復(fù)合材料，所述磁性復(fù)合材料和所述共價有機骨架通過氨基鍵合反應(yīng)合成磁性異孔共價納米材料，該磁性異孔共價納米材料為圓形的核殼結(jié)構(gòu)，所述核殼結(jié)構(gòu)外層鍵合的共價有機骨架為六邊形結(jié)構(gòu)，具有兩種孔徑，對食品和農(nóng)產(chǎn)品中的色素分子具有良好的吸附能力，結(jié)合液相色譜或質(zhì)譜聯(lián)用分析技術(shù)進(jìn)行食品和農(nóng)產(chǎn)品樣品的農(nóng)藥殘留含量的檢測分析，可實現(xiàn)化學(xué)危害因子全回收。