本發(fā)明公開了一種基于靶標(biāo)的基因簇定向挖掘方法，該方法可以挖掘出與所提供的靶標(biāo)蛋白質(zhì)相關(guān)的、可能具有次級(jí)代謝產(chǎn)物的生物合成基因簇，這些基因簇后續(xù)可以通過生物化學(xué)實(shí)驗(yàn)，驗(yàn)證是否具有產(chǎn)生與靶標(biāo)蛋白質(zhì)存在相互作用的活性天然產(chǎn)物的功能。步驟如下：1)構(gòu)建蛋白質(zhì)和基因組數(shù)據(jù)庫(kù)；2)將靶標(biāo)蛋白質(zhì)序列與蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)中的蛋白質(zhì)序列進(jìn)行序列比對(duì)，獲得數(shù)據(jù)庫(kù)中相似的蛋白質(zhì)；3)提取相似蛋白質(zhì)對(duì)應(yīng)的基因組，以及各個(gè)基因組中相似蛋白質(zhì)編碼基因的位置；4)檢測(cè)每個(gè)基因組中所含的基因簇位置；5)判斷檢測(cè)出的每個(gè)基因簇是否命中，即判斷相似蛋白質(zhì)編碼基因是否處于基因簇中；6)進(jìn)行基因備份分析，取得分較高的基因簇作為挖掘結(jié)果。