本發(fā)明提供了一種復(fù)合SERS基底及其制備方法和應(yīng)用，屬于微納結(jié)構(gòu)加工技術(shù)領(lǐng)域。本發(fā)明提供的復(fù)合SERS基底的制備方法，包括以下步驟：采用納米壓痕儀在二維材料的表層制備微納結(jié)構(gòu)，得到復(fù)合SERS基底；所述二維材料包括疊層設(shè)置的金屬底層和石墨烯表層。本發(fā)明采用的納米壓痕儀制備的微納結(jié)構(gòu)結(jié)構(gòu)一致性好、設(shè)備操作方便簡(jiǎn)單。本發(fā)明提供的制備方法制備的復(fù)合SERS基底能夠檢測(cè)化學(xué)農(nóng)藥分子，微納結(jié)構(gòu)對(duì)電場(chǎng)強(qiáng)度具有增強(qiáng)的效果，同時(shí)石墨烯對(duì)化學(xué)吸附有增強(qiáng)的效果，因而復(fù)合SERS基底對(duì)化學(xué)農(nóng)藥分子的檢測(cè)精確度高、靈敏度高、檢出限低，且該制備方法操作簡(jiǎn)單，適宜規(guī)?；a(chǎn)。