本發(fā)明涉及一種長鏈分子序列數(shù)學(xué)重建算法，尤指一種用于基因DNA序列測定、蛋白質(zhì)氨基酸序列測定或其他長鏈結(jié)構(gòu)化學(xué)物質(zhì)檢測的一種用于長鏈分子的數(shù)學(xué)序列重建方法，包括：1）提供至少兩個DNA分子鏈，2）打斷成碎片序列形成X個基因文庫，3）對基因文庫的基因片段進(jìn)行測序獲取文庫片段信息，4）對文庫片段進(jìn)行碎片全排列拼接，獲取可能性集合，5）求交集，6）判斷交集中的元素數(shù)量篩選得到正確的基因序列圖譜；本發(fā)明屬于數(shù)學(xué)算法技術(shù)，可實(shí)現(xiàn)基因序列的測定重建，以及蛋白質(zhì)、多糖或其他具有單一結(jié)構(gòu)的聚合物的序列測定重建；從而可提高目前的基因測序中的準(zhǔn)確性，且本發(fā)明并非概率推測，而是建立在嚴(yán)謹(jǐn)?shù)臄?shù)學(xué)算法上，測定結(jié)構(gòu)準(zhǔn)確度高。