本發(fā)明涉及一種蛋白質結構指紋數(shù)據(jù)庫，屬于生物信息學領域。包含四條表示蛋白結構指紋的字符串，由氨基酸序列，蛋白質折疊形狀碼，物理化學性質和向量偶合組成。所述蛋白質折疊形狀碼，為27個，由26英文字母加上“$”符號組成，對應27個描述五個連續(xù)氨基酸殘基的折疊形狀的向量；物理化學性質表示每一個氨基酸殘基側鏈的物理化性質，用7個字符分別表示。相鄰的兩個肽段共用四個氨基酸形成向量耦合。使用本發(fā)明的數(shù)據(jù)庫，可以大大減少數(shù)據(jù)儲存量，加快了檢索速度，擺脫必須依賴超級大型計算機或者大量計算機組合資源的局面，可以實現(xiàn)個人電腦運作。