本發(fā)明涉及一種基于計算機(jī)分子對接技術(shù)的何首烏中肝毒性化合物的篩選方法，其包括以下步驟：(1)獲得何首烏中至少一種待檢化合物的三維化學(xué)結(jié)構(gòu)；(2)構(gòu)建OATP1B1、OATP1B3的蛋白同源模建結(jié)構(gòu)，并分別確定OATP1B1和OATP1B3的活性位點(diǎn)；(3)將所述待檢化合物和作為OATP1B1和OATP1B3共同底物的陽性化合物分別與所述活性位點(diǎn)進(jìn)行計算機(jī)分子對接，獲得對接打分；(4)所述待檢化合物判定為肝毒性化合物的條件是：所述待檢化合物的對接打分達(dá)到對接判定值。本發(fā)明的篩選方法快速、經(jīng)濟(jì)，操作簡單，而且可實(shí)現(xiàn)眾多化合物的高通量篩選。