本發(fā)明公開了一種克氏原螯蝦活體無損取樣方法及應用，對克氏原螯蝦抱卵親本的受精卵取樣，得到取樣樣品。通過與特定經(jīng)濟性狀連鎖的分子標記檢測，篩選含有目標性狀連鎖的分子標記的抱卵親本，進行隔離培育，人工繁殖獲得克氏原螯選育一代群體，對該群體繼續(xù)進行下一代連鎖標記的篩選將可能獲得目標性狀連鎖標記的基因頻率達到100%的選育群體。本發(fā)明解決了克氏原螯蝦分子連鎖標記輔助育種中活體無損取樣的難題，為克氏原螯蝦分子標記輔助育種提供了一條科學可行的途徑，可望由此培育出具有優(yōu)良性狀的克氏原螯蝦新品種，提高克氏原螯蝦養(yǎng)殖經(jīng)濟效益。