本發(fā)明公開了基于像素圖表征和CNN的可解釋性分子動力學(xué)軌跡分析方法，獲取兩條不同類別的MD軌跡數(shù)據(jù)集，將原子和殘基對應(yīng)，并刪除H原子；進(jìn)行數(shù)據(jù)預(yù)處理并用像素圖方式表征數(shù)據(jù)，得到兩組帶有標(biāo)簽的像素圖數(shù)據(jù)集，并對CNN模型進(jìn)行訓(xùn)練和測試；構(gòu)造解釋器輸出像素評分矩陣；采樣并獲取像素評分矩陣，累加并求平均值，得到原子評分；對一個(gè)殘基中所有原子的評分求平均值，得到該殘基評分。本發(fā)明采用像素圖表征方式直接將所有的坐標(biāo)信息映射到圖像中，能達(dá)到盡可能小的信息損失。將所有的坐標(biāo)信息映射到圖像中，在表征過程中達(dá)到線性無損，同時(shí)避免了計(jì)算大量描述符的時(shí)間和人力成本。