本發(fā)明提供了一種新能源汽車雙電池的能量分配系統(tǒng)，包括：電動機(jī)；主電池包，主電池包通過主供電電路為電動機(jī)供電；備用供電裝置；以及控制電動機(jī)控制器、主電池包控制器以及備用供電裝置的整車控制器；所述備用供電裝置并聯(lián)于主電池包為電動機(jī)供電的主供電電路上。一種新能源汽車雙電池的能量分配方法，包括：電動機(jī)上電；設(shè)定SOC閾值；當(dāng)主電池包的SOC低時，備用電池機(jī)構(gòu)供電；當(dāng)主電池包與備用供電裝置電量耗盡時，斷開備用供電裝置與主供電電路的連接。整車控制器檢測主電池包的電量狀態(tài)，當(dāng)主電池包的電量不足時，備用電池機(jī)構(gòu)并聯(lián)在主供電電路上，通過備用電池機(jī)構(gòu)為電動機(jī)供電，驅(qū)動車輛運(yùn)行，也可通過主供電電路為主電池包充電。