本發(fā)明涉及一種海綿細(xì)胞內(nèi)共生放線菌的分子檢測方法,采用機(jī)械法與化學(xué)法相結(jié)合,獲取海綿單細(xì)胞,提取海綿細(xì)胞內(nèi)內(nèi)共生微生物總DNA;以提取的總DNA為模板,以放線菌種屬特異性引物用聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)擴(kuò)增放線菌16SrRNA基因片段;將擴(kuò)增產(chǎn)物純化后構(gòu)建克隆文庫,隨機(jī)挑取陽性克隆進(jìn)行測序至文庫飽和,將測序結(jié)果及其最相近序列導(dǎo)入ARB序列分析軟件包中進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育分析,完成海綿細(xì)胞內(nèi)共生放線菌的分子檢測。本發(fā)明建立了一套較為全面、準(zhǔn)確的海綿細(xì)胞內(nèi)共生放線菌的分子檢測方法。