本發(fā)明涉及化學檢測分析技術領域，具體涉及一種基于SWATH to MRM技術的植物次生代謝產物檢測方法。一種基于SWATH to MRM技術的植物次生代謝產物檢測方法，包括以下步驟：A、樣品處理：取25～100mg研磨后的植物樣品加入離心管，加入500～1500μL75％甲醇，混合、離心，取上清液；B、上機檢測：設置液相色譜和質譜條件，將步驟A所得的上清液進行上機檢測；C、數據處理：對步驟B上機檢測得到的數據進行處理和分析。本申請中利用多種參數的相互協同作用，進一步提高了檢測方法的通量和準確度，減弱了基質效應，更有利于對代謝產物進行全面、準確的分析，能夠適用于任一種植物的任何組織器官中所含有的次生代謝產物中的檢測和分析。