本發(fā)明涉及一種直接對(duì)RNA的序列及其化學(xué)修飾同時(shí)進(jìn)行測(cè)定的技術(shù)。和DNA相比，對(duì)RNA上化學(xué)修飾的研究相對(duì)滯后，其主要原因在于沒有一種方便精準(zhǔn)的方法檢測(cè)這些化學(xué)修飾。本發(fā)明針對(duì)現(xiàn)行間接RNA測(cè)序技術(shù)的種種問題，直接對(duì)RNA進(jìn)行序列測(cè)定。先將RNA降解成長短不一的梯坎RNA片段，再用毛細(xì)管電泳和質(zhì)譜聯(lián)用分析檢測(cè)這些降解的RNAs。每一個(gè)降解的梯坎RNA片段都對(duì)應(yīng)著不同的遷移時(shí)間和不同的質(zhì)譜值。把這些長短不一的梯坎RNA片段從小到大排序，再用這些梯坎RNA片段之間質(zhì)譜差值來計(jì)算原RNA從5`和3`的堿基序列。本技術(shù)不僅可以直接對(duì)常規(guī)的RNA測(cè)序，而且可以同時(shí)測(cè)定這些RNA上的化學(xué)修飾。