本發(fā)明提供一種拉曼光譜法生物分子測序系統(tǒng)，包括納米孔裝置、激光拉曼顯微鏡、光譜測量裝置和數(shù)據(jù)采集分析裝置，納米孔裝置位于激光拉曼顯微鏡下方；納米孔裝置主要包括納米孔腔、納米孔；納米孔是納米孔腔的一端開口，納米孔腔呈縮小腔體向納米孔延伸；光柵，光柵圍繞納米孔腔；金屬層，以縮小納米孔尺寸至1～100nm；待測生物分子通過納米孔時，激光拉曼顯微鏡向生物分子發(fā)射激光，產(chǎn)生拉曼光譜信號，光譜測量裝置測量出數(shù)據(jù)，數(shù)據(jù)采集分析裝置分析輸出結(jié)果。本發(fā)明使用表面增強拉曼光譜的檢測策略，具有技術(shù)效果可實現(xiàn)亞納米空間分辨率的檢測；提供分子特異性指紋信息的振動光譜，各堿基光譜信號不重疊，具有優(yōu)異的區(qū)分度和化學靈敏度。