本發(fā)明公開了一種含氫利用系統(tǒng)的綜合能源分層趨優(yōu)運行方法及系統(tǒng)。本發(fā)明的方法包括構(gòu)建含氫利用系統(tǒng)的綜合能源運行系統(tǒng)；綜合能源運行系統(tǒng)采用分層分布式架構(gòu)，分為子系統(tǒng)協(xié)調(diào)控制系統(tǒng)層與總體協(xié)調(diào)控制系統(tǒng)層，兩層之間相互協(xié)調(diào)運行；子系統(tǒng)協(xié)調(diào)控制系統(tǒng)包括光伏系統(tǒng)運行單元、電化學(xué)儲能系統(tǒng)運行單元、制氫系統(tǒng)運行單元以及燃料電池系統(tǒng)運行單元；總體協(xié)調(diào)控制系統(tǒng)包括發(fā)布接收模塊、調(diào)度下設(shè)模塊、最優(yōu)調(diào)度模塊、協(xié)調(diào)運行控制模塊和總協(xié)調(diào)數(shù)據(jù)庫；最優(yōu)調(diào)度模塊包括全站經(jīng)濟運行模塊和削峰填谷模塊；總體協(xié)調(diào)控制系統(tǒng)以綜合能源經(jīng)濟最優(yōu)為目標，綜合考慮各子系統(tǒng)上送的實時出力情況，優(yōu)先就地消納新能源發(fā)電，實現(xiàn)綜合能源站的分層趨優(yōu)運行。