本發(fā)明涉及DNA和RNA分離技術(shù)領(lǐng)域，公開了一種分離微生物宏基因組DNA與總RNA的方法，S1：總核酸的獲取：準備細胞裂解液，利用有機溶劑將細胞裂解液中的蛋白質(zhì)與脂類去除；S2：總RNA的分離：向步驟S1中的總核酸中加入氯化鋰溶液，在低溫靜置后采用離心的方法分離出總RNA，將上清液中的宏基因組DNA轉(zhuǎn)移放置；S3：宏基因組DNA的沉淀：取出步驟S2中所轉(zhuǎn)移放置的上清液，利用預(yù)冷的異丙醇或乙醇將上清液中的宏基因組DNA沉淀，并在低溫靜置后采用離心的方法分離出宏基因組DNA；S4：宏基因組DNA與總RNA的純化，采用乙醇洗滌純化步驟S2和步驟S3中獲得的總RNA和宏基因組DNA，采用離心的方法獲得純化后的總RNA和宏基因組DNA。本發(fā)明具有分離效果好、回收率高、成本低、操作簡單的優(yōu)點。